В храме находится множество частиц мощей угодников Божиих, от самых древних святых до новых мучеников и исповедников Российских. Одной из главных святынь является крест с частицами мощей более 70-ти угодников Божиих.
Этот крест в 1998 году преподнес в дар храму наместник Белогорского Свято-Николаевского мужского монастыря Пермской епархии игумен Даниил (Ишматов). В храме также находится мощевик с частицами мощей Киево-Печерских святых, в разное время переданных в храм и ставших напоминанием прихожанам о существовавшем некогда приделе во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских.
В храме пребывают частицы мощей пророка Исайи, Крестителя Господня Иоанна, праведной Анны, матери Пресвятой Богородицы, апостолов Андрея Первозванного, Марка и Луки, первомученика архидиакона Стефана, равноапостольной Ольги, святителей Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоуста, Николая Чудотворца, Спиридона Тримифунтского, Афанасия Великого, Митрофана Воронежского, Филарета Московского, Феофана Затворника, патриарха Тихона, святителей Иоанна Шанхайского и Сан-Францисского, Луки Крымского, священномучеников Игнатия Богоносца и Владимира, митрополита Киевского, великомучеников Георгия Победоносца, Димитрия Солунского, Феодора Тирона, Феодора Стратилата и целителя Пантелеимона, великомучениц Анастасии Узорешительницы, Екатерины и Параскевы Пятницы, мучеников Вифлеемских младенцев, мученика Трифона, преподобномученицы великой княгини Елизаветы Федоровны, преподобных Сергия Радонежского, Александра Свирского, Амвросия Оптинского, Серафима Саровского, Силуана Афонского, Василия Блаженного, бессребренников Космы и Дамиана Асийских, праведного воина Феодора Ушакова и многих-многих других святых.
Наиболее чтимые иконы храма – главный храмовый образ святителя Николая чудотворца, икона Божией Матери «Знамение», перед которой почти после каждой воскресной всенощной совершается молебное пение, икона с молочным зубиком одного из царских детей.